Сервер, на котором крутится сотня чужих сайтов или сервисов — это по сути общая коммуналка. Если бы любой процесс мог читать и менять любой файл, один сломанный скрипт мог бы стереть данные всех соседей. Права доступа — это именно защита от этого, а не досадная преграда, которую надо обойти.

У каждого файла есть ТРИ роли, для которых права задаются отдельно — владелец, группа и все остальные:

-rw-r--r--  1 deploy www-data  app.conf
 ^^^ ^^^ ^^^
  |   |   └── остальные: r--  (4)
  |   └────── группа:    r--  (4)
  └────────── владелец:  rw-  (6)

Сами буквы означают: r — читать, w — писать/менять, x — выполнять как программу. Цифрой это записывают компактно: r=4, w=2, x=1, и три права одной роли просто складывают (rw- = 4+2 = 6). Отсюда и берутся привычные числа: chmod 644 — владелец может писать и читать, остальные только читать; chmod 600 — не может вообще НИКТО, кроме владельца (именно так обязаны выглядеть приватные SSH-ключи — если права шире, ssh сам откажется их использовать, потому что это дыра в безопасности).

chmod 755 script.sh    # сделать файл исполняемым скриптом
chown deploy:deploy f  # сменить владельца файла